En 1994 el Consejo superior de la Universidad autoriza la creación del programa de odontología mediante el Acta 018. La iniciación de labores académicas fue el 5 de febrero de 1996 en la ciudad de Bello con un grupo de 115, donde se realiza el I y II semestre del plan de estudios. El 20 de febrero de 1997 la Universidad Cooperativa de Colombia inaugura su sede en la ciudad de Envigado, donde la Facultad de Odontología ubica su planta física para el desarrollo de su plan de estudios, en lo que hace relación a sus cursos teóricos y prácticas intramurales. A finales del año 1999, se establece la atención del servicio de urgencias en áreas clínicas aisladas con dos módulos odontológicos. Un año más tarde, se instaura el quirófano de la facultad para la realización de procedimientos quirúrgicos menores. El 14 de Diciembre del año 2000 se gradúa la Primera Promoción de la Facultad de Odontología de la Universidad Cooperativa de Colombia con 35 odontólogos. El ICFES, aprueba el programa de Odontología en Noviembre de 1996 y posteriormente de acuerdo a los requerimientos del Decreto 2566 de 2003 se le otorga Registro Calificado Nº 268 de 31 de Enero de 2007 por 7 años. Para el año 2006 y cumpliendo un propósito institucional se presentan al Ministerio de Educación Nacional para su aprobación los postgrados de Especialización Clínica en Odontopediatria, Especialización Clínica en Ortodoncia y Especialización Clínica en Rehabilitación oral, a las cuales les fue otorgado el Registro calificado por 7 años, mediante Resoluciones 5896, 5897 y 5898 del 4 de Octubre de 2007. De esta manera, en julio de 2008 se da inicio a la Especialización Clínica en Ortodoncia con la primera cohorte de 8 estudiantes; en al año 2010 se abren convocatorias para la especialización Clínica en Rehabilitación, y se inicia la cohorte con 6 estudiantes. Para el segundo semestre del 2010 se gradúa la primera promoción de Especialistas en Ortodoncia con una gran acogida en la comunidad académica. En el año 2015, el programa obtiene la renovación de registro calificado a través de resolución 05879 del 04 de mayo 2015, vigencia 7 años. Y en el año 2018 se obtiene la Acreditación de Alta Calidad del programa.
